Program pendidikan di Pondok Pesantren Pabelan bertujuan untuk mengembangkan ilmu Agama Islam dan menciptakan lulusan yang mempunyai akhlak yang baik, sopan santun, sehat dan pengetahuan yang bagus. Program pendidikan ini dapat dibagi ke dalam :
1. Pendidikan formal
Pendidikan formal dipegang oleh Kulliyatul Mu’allimin al Islamiyah ( KMI ) yang mengurus Madrasah Tsanawiyah ( MTs ), Madrasah Aliyah ( MA ) dan Kelas Takhasus. Kelas Takhasus adalah program khusus untuk mempersiapkan santri yang dari lulusan MTs atau SMP di luar Pondok Pesantren yang akan belajar di MA Pondok Pabelan atau mereka yang ingin memperdalam dasar ilmu Agama Islam. Kurikulum yang digunakan di MTs dan MA mengacu pada campuran antara Kurikulum Departemen Agama dan Kurikulum KMI, tetapi untuk Kelas Takhasus seluruhnya menggunakan kurikulum yang berasal dari Pondok Pesantren.
2. Pendidikan Pondok Pesantren
Kegiatan pendidikan di Pondok Pabelan adalah kursus Tilawah Al Qur’an, Kuliah Shubuh tiap hari Jum’at, Pesantren Ramadhan, dan libur pendek Pondok Pesantren.
3. Kegiatan Ekstrakurikuler
Kegiatan ekstrakurikuler yang ada di Pondok Pabelan terdiri dari kegiatan wajib dan kegiatan pilihan. Kegiatan ekstrakurikuler wajib seperti pramuka, latihan pidato/mukhadloroh ( Arab, Inggris, Indonesia ), kursus bahasa yang meliputi Bahasa Arab dan Inggris dan untuk siswa kelas 3 MA mereka harus mengikuti Micro-Teaching. Kegiatan ekstrakurikuler pilihan meliputi “Kitab Kuning” ( pembahasan kitab kuning klasik ), kesenian ( musik, teater, melukis ), olahraga, marching band, Pencak Silat ( bela diri tradisional Indonesia ), Karate, junalistik, ketrampilan dan kepustakaan
En
